صِبغة الـ «SYBR Green» واستخداماتها

صِبغة الـ «SYBR Green» واستخداماتها

• صِبغة الـ «SYBR Green» واستخداماتها

الـ «SYBR Green» هي صبغة ترتبط بأي «جزئ حمض نووي مزدوج – Double Stranded DNA (dsDNA)» خلال تفاعل كمي لمضاعفة الحمض النووي بغرض اكتشاف كمية تواجد جزء محدد منه مثل جين معين وتتم تلك النوعية من التفاعلات في أجهزة تُعرف بالـ«qPCR» أو «RT-PCR» وهي نسخة مطورة من جهاز الـ«PCR» المعتاد، ولكن مُزود ببعض الإمكانات التي تساعد على إجراء هذه النوعية من التفاعلات الكمية. ترتبط الـ«SYBR Green» بما يُعرف بالـ «Minor Groove» في الحمض النووي المزدوج حيث تُعد تلك المناطق في جُزيء الحمض النووي مهمة جدا في عملية ارتباط بعض أنزيمات النسخ والتي تستغلها الصبغة في الارتباط كذلك لتنتج إشعاعها الذي يلتقطه جهاز الـ«qPCR» ليُترجمه فيما بعد لمُنحنيات إحصائية تُعبر عن كمية تواجد هذا الجزء من الحمض النووي الذي تم الارتباط به، الأمر الذي لا يُمكن حدوثه مع «جُزئ حمض نووي منفرد – Single Stranded DNA (ssDNA)» حيث لا تتوفر في بُنيَتُهُ الـ«Minor Groove» نتيجة عدم توفر البُنية الحلزونية المعرفة للحمض النووي والتي تحتوي على الفراغات البينية الناتجة عن ارتباط الجُزيئين معا.

عندما يتم ارتباط الصبغة بجزيء الحمض النووي المزدوج تزيد من إشعاعها بما يصل إلى 100 ضعف. وأثناء تفاعل «PCR» وبينما يتم مُضاعفة التسلسل المستهدف من الحمض النووي. ترتبط «SYBR Green» بكل نسخة جديدة من الـ«dsDNA» أثناء خطوة الـ«Extension». ويعتبر العيب الرئيسي لهذه الطريقة في تحديد كمية الحمض النووي هو أن ارتباطها غير محدد حيث إنها ترتبط بأي جُزئ حمض نووي مزدوج، إلا أن استخدامها شائعا مع الـ«RT-PCR» لِما له من ميزات من حيث التكلفة، ولكن دائمًا ما تكون البيانات عُرضة للتفسير الخاطئ. لتجنب هذه المشكلة نقوم بتحسين ظروف التفاعل بعناية لكل زوج من الـ«Primers» لتقليل نواتج التفاعل العشوائية أو ما يُعرف بـ«Primers Dimers» وهي عبارة قطع من الحمض النووي المزدوج التي تنتج عن ارتباط «البادئات - Primers» ببعضها بسبب خلل ما يحدث نتيجة التفاعل، الأمر الذي ينتج عنه تشتت الصبغة وارتباطها بقطع من الحمض النووي غير مرغوب فيها، بالتالي عندما يتم تحسين ظروف التفاعل بأدق شكل ممكن تقل احتمالات تَكَون هذه النواتج العشوائية وبالتالي تزيد دقة النتائج. كما توفر المنتجات المتاحة تجاريًا من صبغة «SYBR Green» على تحسين نتائج التفاعلات.

كذلك أصبحت أصباغ الحمض النووي المماثلة لـ «Cyanine SYBR Green I - SYBR Green II» شائعة الاستخدام في تصوير الحمض النووي الريبي والحمض النووي بعد «Gel Electrophoresis» وهناك العديد من المزايا الهامة لها إلا أنه لا ينبغي إضافتها إلى الـ«Gel» حيث إن العينات التي يتم تفريدها كهربيًا في وجود «SYBR Green» تُظهِر بشكل روتيني نطاقات غير منتظمة الشكل تشبه الموجة في معظم الأوزان الجزيئية هذا يجعل تحديد الكتلة والوزن الجزيئي صعبًا للغاية إن لم يكن مستحيلًا. في النهاية توجد العديد من الصبغات المهمة المستخدمة في تقنيات مجال التكنولوجيا الحيوية لذلك لا غنى عن الاطلاع عنهم ومعرفتهم جميعا.

المصدر

المصدر

المصدر

المصدر

المصدر

الكاتب: فاطمة أحمد

About Us

Bio Team Egypt
We are Egyptian activists in the field of Biotechnology and Entrepreneurship awareness. Researchers, engineers and undergrad students from divers Egyptian universities and institutions. One target has collected us, is to create an Egyptian scientific community which is specialized into Biotechnology.
Foundation
Mission
Vision

Get Updates In Your Inbox